南药资源为我园特色植物资源之一。南药圃以《中华人民共和国药典》、《本草纲目》、《中药大辞典》等权威书籍为指导，重点收集其中的南方药用植物，同时注重收集具有民族特色的民间药用植物。多年来，科研人员从广东、广西、云南、贵州、海南具有丰富药用植物资源的科研院所、企业和植物园，以及厦门周边山、林地收集南药植物近400种。其中《中华人民共和国药典》中收录的包括巴戟天、瓜蒌、木鳖、木蝴蝶、半边莲、菝葜、土茯苓、芦荟、草珊瑚、络石藤、仙鹤草等100余种，以及金线莲、风柜斗草、一粒黄、黄花倒水莲、猫尾射、海巴戟、七叶一枝花、一条根、人字草、白花蛇舌草、猫须草、千年健等大量地方特色药用植物。

南药圃既有公园的外貌，又是药用植物科普与教学实践的活标本园。园内根据植物不同生态环境的要求，因地制宜地创造了阴生、湿生、阳生、水生生态小区。充分运用造园艺术和模拟自然的手法，对各种药用植物进行合理配置，构成了错落有致、幽雅别致的园林景观。药用植物区以向公众展示介绍我国中草药的活体标本，让公众尤其是青少年一代能够认识传统医学中使用的药材的原来形态。

桢 桐

绞股蓝

草珊瑚

南五味子

大吴风草